Lediga jobb som Bioinformatiker i Malmö

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns cirka 45 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Beskrivning av arbetsplatsen
https://www.

ludc.lu.se/lund-university-diabetes-centre är ett av de största diabetesforskningscentren i världen med cirka 300 forskare och anställda som arbetar för förbättrad diagnostisering, prevention och behandling av diabetes. Centret kombinerar expertis inom genetik, epidemiologi, statistik, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi för att uppnå dessa mål.

Ett centralt tema för LUDC är att utveckla precisionsmedicin för att förbättra hälsan och livskvaliteten för diabetespatienter. Tjänsten som dataingenjör/bioinformatiker är förlagd inom forskargruppen Diabetes och kardiovaskulär sjukdom som leds av professor Marju Orho-Melander och är placerad vid Clinical Research Centre (CRC) i Malmö.

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar ständigt med att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Vi erbjuder
Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. https://www.lu.se/om-universitetet/jobba-hos-oss 

Arbetsuppgifter
Vi söker en kvalificerad kandidat som kommer vara central för den fortsatta utbyggnaden av avancerad data-analys/bioinformatik inom bl.a. tarmens mikrobiota, genetik, kost, läkemedel och metaboliter och dess betydelse för kardiometabola sjukdomar inom ramen för professor Marju Orho-Melanders forskargrupp Diabetes och kardiovaskulär sjukdom- genetisk epidemiologi.

Projektet kommer främst att fokusera på att undersöka sambanden mellan tarmflora, genetik, kost, läkemedel och metaboliter och risken för framtida diabetes och hjärtkärlsjukdomar i befolkningsbaserade- och interventionsstudier.

Vi förväntar oss att sökanden är en erfaren dataingenjör/bioinformatiker som kan analysera stora komplicerade dataset med hjälp av avancerade analysmetoder, som kan sammanfatta och presentera resultaten i en reproducerbar rapport inklusive publikationsfärdiga tabeller och figurer, samt bidra till artikelskrivande.

Kvalifikationer

 Krav för anställningen är:

- Magister- eller doktorsexamen i bioinformatik, biostatistik, biofysik eller närliggande område, eller civilingenjörsutbildning i datavetenskap/teknisk matematik eller motsvarande, med en dokumenterad meritlista inom dataanalys, programmering och numeriska simuleringar samt gedigen erfarenhet av programmering
- En bevisad meritlista i att tillämpa kvantitativa metoder för dataanalysuppgifter och programmering samt högpresterande beräkningar
- Gedigna kunskaper och erfarenheter av programmeringsspråk som R och/eller Python.
- Kunskap och erfarenhet av maskininlärning och numerisk modellering
- Kunskap och erfarenhet av versionskontroll och kontinuerlig integration (t.ex. Git, GitHub)
- Kunskap och erfarenhet av efterbearbetning, datavisualisering och presentation (t.ex. LaTeX)
- God samarbetsförmåga i ett tvärvetenskapligt team
- Självgående, flexibel och kan arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt samt att prioritera och hålla deadlines
- Personliga egenskaper: vi vill se individer som har hög motivation, lätt att ta initiativ, är flexibla och detaljorienterade, samt har god kommunikationsförmåga
- Dokumenterad muntlig och skriftlig språkfärdighet i engelska

Meriterande för anställningen är:

- Doktorsexamen i datavetenskap, bioinformatik, biostatistik, biofysik eller närliggande område
- Flera års forskningserfarenhet
- Kunskap om nästa generations sekvenseringspipelines och erfarenhet av att analysera och stora biologiska datamängder
- Erfarenhet av att använda vanliga bioinformatiska verktyg och statistiska metoder (t.ex. DESeq, edgeR, GATK, PLINK, STAR, BWA, Salmon, Kallisto)
- Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga biologiska databaser.
- Erfarenhet av att analysera stora mikrobiomdataset på art- (t.ex. meta-genomiska artantal och förekomster) och gennivå (t.ex. uttryck av funktioner i termer av KEGG-ortologer), samt erfarenhet av att genomföra utforskande, hypotestestande och hypotesgenererande analyser
- Erfarenhet av metabolomik, genetisk epidemiologi, pathway-analys och kardiometabolisk sjukdom

Villkor
Anställningen är en särskild visstidsanställning (SÄVA) under 1 år och avser heltid. Preliminärt startdatum är 2024-02-01 eller enligt överenskommelse. 

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla ett personligt brev, CV, publikationslista och uppgifter till 3 referenser.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler. Visa mindre

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns cirka 44 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Forskargruppen

Tjänsten är placerad inom forskargruppen för epigenetik och diabetes på Lund universitets diabetes center (LUDC), vilket är en världsledande forskningsmiljö finansierat med av stöd från Strategic Research Foundation (SSF) och Vetenskapsrådet (EXODIAB; Excellence of Diabetes Research in Sweden).

Du kan läsa mer om forskargruppen https://www.ludc.lu.se/research/epigenetics-and-diabetes samt om LUDC https://www.ludc.lu.se/lund-university-diabetes-centre.

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla medarbetare. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Vi söker härmed en bioinformatiker. Anställningen är på heltid och gäller tillsvidare med en eventuell provanställning på sex månader.  Önskat tillträdesdatum 2022-03-01 eller enligt överenskommelse. 

Arbetsuppgifter

Som bioinformatiker inom forskargruppen ansvar du för bioinformatisk utveckling och analys av experimentella globala data som genereras i gruppen. I dina arbetsuppgifter ingår huvudsakligen programmering, hantering av stora datamängder och utveckling av bioinformatiska analyser.

Arbetsuppgifterna omfattar att identifiera och utveckla nya genetiska och epigenetiska biomarkörer med klinisk relevans som förutspår huruvida vissa diabetespatienter svarar sämre på en viss behandling samt huruvida de har ökad risk att utveckla diabeteskomplikationer. De omfattar även att utveckla bioinformatiska verktyg för analys av samt att analysera GWAS data, “whole genome bisulfite sequencing” data, “Cut and run” data, “RNA-seq” data, “single cell RNA-seq” data samt “Cut and tag” data. Tjänsten omfattar statistiska och bioiformatiska analyser av humana epigenetiska och genetiska data samt identifiera optimala sub-cohorter för analys genom att använda kliniska data från databaser. Utvald kandidat kommer även genomföra valideringsanalyser av genetiska och epigenetiska resultet. Det ingår även att presentera och sammanställa resultat samt skriva manuskript och ansökningar.

Även andra förekommande arbetsuppgifter inom forskargruppen kan bli aktuella.


Kvalifikationer

Krav:

- Doktorsexamen inom relevant område.
- God kunskap inom forskning av typ 2 diabetes, kardiovaskulärsjukdom, epigenetik och genetik.
- Gedigen kunskap inom programmering, matematik, bioinformatik och statistik.

Personliga egenskaper:

Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet. Med detta avses god förmåga att samarbeta med andra forskare. God förmåga att kunna arbeta självständigt samt god pedagogisk förmåga att handleda andra forskare inom tjänstens område.

Meriterande:

- Erfarenhet av bioinformatisk och statistisk analysis av global DNA metylerings (både Illumina array data samt whole genome bisulfite seqencing data) samt RNA-seq data.
- Erfarenhet av analys av data relaterad till metformin respons och typ 2 diabetes subtyper.
- God kunskap i engelska i skrift och tal samt erfarenhet av att skriva och publicera manuskript.
- Erfarenhet av Snakemake och R-programmering.

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.




 

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler. Visa mindre

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns cirka 45 000 studenter och mer än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.




Beskrivning av arbetsplatsen

Lund University Diabetes Centre (LUDC; www.

ludc.med.lu.se) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. LUDC är ett av de största diabetesforskningscentren i världen med cirka 300 forskare och anställda som arbetar för förbättrad diagnostisering, prevention och behandling av diabetes. Centret kombinerar expertis inom genetik, epidemiologi, statistik, bioinformatik, molekylär- och cellbiologi, fysiologi och klinisk diabetes och endokrinologi för att uppnå dessa mål.

Ett centralt tema för LUDC är att utveckla precisionsmedicin för att förbättra hälsan och livskvaliteten för diabetespatienter. Tjänsten som bioinformatiker är förlagd inom forskargruppen Diabetes och kardiovaskulär sjukdom som leds av professor Marju Orho-Melander och är placerad vid Clinical Research Centre (CRC) i Malmö. 

Sökanden inbjuds att ansöka om en tillsvidareanställning på heltid (100 %) som bioinformatiker vid LUDC. Anställningen inleds med sex månaders provanställning. Preliminärt startdatum är 2023-09-01 eller enligt överenskommelse.

 

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal och möjlighet till distansarbete som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet, Jobba hos oss.

 

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Vi söker en kvalificerad kandidat som kommer vara central för den fortsatta utbyggnaden av avancerad bioinformatik inom bl.a. tarmflora, genetik, kost, läkemedel och metaboliter och dess betydelse för kardiometabola sjukdomar inom ramen för professor Marju Orho-Melanders forskargrupp Diabetes och kardiovaskulär sjukdom.

Projektet kommer främst att fokusera på att undersöka sambanden mellan tarmflora, genetik, kost, läkemedel och metaboliter och risken för framtida diabetes och hjärtkärlsjukdomar i befolkningsbaserade studier.

Vi förväntar oss att sökanden är en erfaren bioinformatiker som kan analysera stora komplicerade dataset med hjälp av komplexa statistiska och bioinformatik metoder, som kan sammanfatta och presentera resultaten i en rapport inklusive publikationsfärdiga tabeller och figurer, samt bidra till artikelskrivande.

Behörighet och kvalifikationer

- Doktorsexamen i bioinformatik, biostatistik, biofysik eller närliggande område, med en dokumenterad meritlista i att tillämpa kvantitativa metoder för dataanalyser såväl som gedigen erfarenhet av programmering.
- En bevisad meritlista i att tillämpa kvantitativa metoder för dataanalysuppgifter och programmering samt högpresterande beräkningar.
- Kunskap om nästa generations sekvenseringspipelines och erfarenhet av att analysera och stora biologiska datamängder.
- Kunskaper i R och biostatisk analys.
- Kunskap och erfarenhet av andra programmeringsspråk (t.ex. Python).
- Gedigna kunskaper om GNU/Linux och ”bash scripting”.
- Erfarenhet av dataanalys och data mining för att identifiera trender och producera meningsfulla datavisualiseringar.
- Erfarenhet av att använda vanliga bioinformatiska verktyg och statistiska metoder (t.ex. DESeq, edgeR, GATK, PLINK, STAR, BWA, Salmon, Kallisto).
- Erfarenhet av webbaserade bioinformatikverktyg och offentliga biologiska databaser. Mjukvarudesign och implementering med Java.
- Kan samarbeta i ett tvärvetenskapligt team.
- Självgående, flexibel och kan arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt, att hantera flera projekt parallellt samt att prioritera och hålla deadlines.
- Dokumenterad muntlig och skriftlig språkfärdighet i engelska.

Vidare anses följande vara meriterande:

- Erfarenhet av att analysera stora mikrobiomdataset på art- (t.ex. meta-genomiska artantal och förekomster) och gennivå (t.ex. uttryck av funktioner i termer av KEGG-ortologer), samt erfarenhet av att genomföra utforskande, hypotestestande och hypotesgenererande analyser.
- God kunskap om enzymkatalys och proteinverkningsmekanismer.
- Erfarenhet av metabolomik, pathway-analys och kardiometabolisk sjukdom. Flera års forskningserfarenhet.
- Vi lägger också vikt vid personliga egenskaper och ser gärna individer som är motiverade, tar initiativ, är flexibla, detaljorienterade och kan arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt.

Övrigt

Anställningen är tillsvidare på heltid med önskat tillsträdesdatum 1 september, eller enligt överenskommelse. Anställningen kommer inledas med 6 månaders provanställning.

 

Så här söker du
Ansökan ska innehålla personligt brev med motivering till varför du är intresserad av anställningen och på vilket sätt anställningen matchar dina meriter. Ansökan ska/bör även innehålla CV, publikationslista och uppgifter till 3 referenser.

 

 

 

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.




 

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler. Visa mindre

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och fler än 8 000 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.


Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 2700 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Malmö är en av de sex institutionerna vid Lunds universitets medicinska fakultet. Vi har ett starkt fokus på klinisk och epidemiologisk forskning, och bedriver även en omfattande preklinisk laboratorieforskning.



Forskargruppen

Enheten för genetisk och molekylär epidemiologi (GAME) är en av de största forskningsgrupperna vid det världsledande Lunds universitets diabetescenter (LUDC).

GAME fokuserar främst på analysen av stora, komplexa datamängder för att optimera diagnos, förebyggande och behandling av diabetes och fetma. Detta arbete görs ofta som en del av stora nationella och internationella projekt som finansieras av National Institutes of Health (NiH), European Research Council och Innovative Medicines Initiative. (IMI).

Inom forskargruppen värnar vi om en god arbetsmiljö med respekt och omtanke i våra relationer med varandra, och strävar efter en arbetsplats som upplevs som utvecklande och stimulerande för alla medarbetare. Vi arbetar vi ständigt för att skapa förutsättningar för arbetsglädje, utveckling och delaktighet för alla. Vi värnar både om den fysiska säkerheten och psykosociala arbetsmiljön.

Vi söker nu en senior bioinformatiker för en tidsbegränsad anställning på två år och på heltid. Önskat tillträdesdatum är den 1 januari 2021 eller enligt överenskommelse.

Arbetsuppgifter

Sökande förväntas arbeta i en stödroll för gruppledaren, professor Franks, och andra medlemmar i hans team inom en rad projekt, inklusive de som utförs enbart av GAME-enheten i samarbete stora internationella samarbeten. Arbetet rör sig inom biostatistik och/eller bioinformatik, med erfarenhet av ” combining multiomics datasets” inklusive array- och sekvensdata för genuttryck och DNA-metylering och metabolomik samt ”in silico functional annotation”.

Beroende på begränsningar relaterade till COVID-19 kommer den sökanden att tillbringa merparten av sin tid på plats, men nationella och internationella resor för utbildning, konferenser och projektmöten kan bli nödvändiga.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

- doktorsexamen i relevanta kvantitativa vetenskaper
- minst två års post doc-erfarenhet av arbete med bioinfomatik
- goda färdigheter i engelska, både i tal och skrift
- utmärkt förståelse om R och Stata
- kunskap om nätverksbiologi, protein-protein interaktionsnätverk samt systembiologiska tillvägagångssätt

Meriterande för anställningen är:

- kunskap om andra programmeringsspråk som Python, C ++ eller PEARL
- förmåga att arbeta med snäva tidsfrister
- villig att ge mentorskap till gruppmedlemmar
- intresserad av att arbeta för, och att ge analytiskt stöd till pågående projekt
- intresserad av att vara delaktig i ett dynamiskt och kreativt team samt att interagera regelbundet med internationella samarbetspartners
- 10 + vetenskapliga /peer reviewed publikationer i ansedda tidskrifter

Stor vikt kommer läggas vid personliga egenskaper. För anställningen krävs att du är ambitiös, noggrann och självständig.

 

Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Ange gärna löneanspråk i din ansökan.




 

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Vi ser jämställdhet och mångfald som en styrka och tillgång. Välkommen med din ansökan! Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler. Visa mindre